Terdapat tiga kaedah pengaturcaraan alatan mesin CNC: pengaturcaraan manual, pengaturcaraan automatik, dan pusat pemesinan CAD/CAM.
Pengaturcaraan dengan tangan
Analisis lukisan bahagian manual, pemprosesan proses, pengiraan berangka, menulis senarai program dan input program dan pemeriksaan dilengkapkan secara manual. Ia sesuai untuk pemesinan titik atau bahagian dengan geometri yang kurang kompleks, tetapi ia sangat memakan masa dan terdedah kepada ralat semasa menyusun bahagian yang kompleks.
Pengaturcaraan automatik
Proses menggunakan komputer atau mesin pengaturcaraan untuk melengkapkan penyediaan program bahagian adalah sangat mudah untuk bahagian yang kompleks.
CAD/CAM
Perisian CAD/CAM digunakan untuk merealisasikan pengaturcaraan automatik pemodelan dan imej. Perisian yang paling tipikal ialah Master CAM, yang boleh melengkapkan pengaturcaraan pengilangan 2, 3, 4 dan 5, berpusing, wayar EDM, walaupun perisian jenis ini mempunyai satu fungsi, ia mudah dipelajari dan murah.